管理學(xué)院前身為我國最早成立的系統(tǒng)工程系和系統(tǒng)工程研究所（1979年）。1979年11月，著名科學(xué)家錢學(xué)森專程到?？疾煜到y(tǒng)工程本科專業(yè)學(xué)生培養(yǎng)工作，并在上海機(jī)械學(xué)院系統(tǒng)工程研究所成立大會上發(fā)表講話。12月，學(xué)校與美國麻省理工學(xué)院斯隆管理學(xué)院正式簽訂校際合作協(xié)議，這是改革開放后上海市最早的中外合作辦學(xué)項(xiàng)目。

       1981年，學(xué)院與美國麻省理工學(xué)院斯隆管理學(xué)院等高校合作，開始舉辦全英文授課碩士班；1983年美國《華爾街日報》發(fā)表專題報道，認(rèn)為“此舉開創(chuàng)了中國MBA教育的先河”。

       1992年5月系統(tǒng)工程系和系統(tǒng)工程研究所合并成立系統(tǒng)科學(xué)與系統(tǒng)工程學(xué)院，1999年5月更名為管理學(xué)院，2004年原上海醫(yī)療?？茖W(xué)校管理系劃歸管理學(xué)院，2005年1月22日，由中國科學(xué)院系統(tǒng)科學(xué)研究所和上海理工大學(xué)合作組建，并由錢學(xué)森同志親自題詞命名的“上海系統(tǒng)科學(xué)研究院”在學(xué)校掛牌。2006年1月與學(xué)校商學(xué)院合并重組成立新的管理學(xué)院。商學(xué)院始建于1988年，淵源可追溯到20世紀(jì)30年代的滬江大學(xué)城中區(qū)商學(xué)院，1997年商學(xué)院與原上海機(jī)械高等?？茖W(xué)校的管理系合并重組成立新的商學(xué)院，歷代校友在商界建樹頗多，影響遍及五洲。