管理學院前身為我國最早成立的系統(tǒng)工程系和系統(tǒng)工程研究所（1979年）。1979年11月，著名科學家錢學森專程到校考察系統(tǒng)工程本科專業(yè)學生培養(yǎng)工作，并在上海機械學院系統(tǒng)工程研究所成立大會上發(fā)表講話。12月，學校與美國麻省理工學院斯隆管理學院正式簽訂校際合作協(xié)議，這是改革開放后上海市最早的中外合作辦學項目。

       1981年，學院與美國麻省理工學院斯隆管理學院等高校合作，開始舉辦全英文授課碩士班；1983年美國《華爾街日報》發(fā)表專題報道，認為“此舉開創(chuàng)了中國MBA教育的先河”。

       1992年5月系統(tǒng)工程系和系統(tǒng)工程研究所合并成立系統(tǒng)科學與系統(tǒng)工程學院，1999年5月更名為管理學院，2004年原上海醫(yī)療?？茖W校管理系劃歸管理學院，2005年1月22日，由中國科學院系統(tǒng)科學研究所和上海理工大學合作組建，并由錢學森同志親自題詞命名的“上海系統(tǒng)科學研究院”在學校掛牌。2006年1月與學校商學院合并重組成立新的管理學院。商學院始建于1988年，淵源可追溯到20世紀30年代的滬江大學城中區(qū)商學院，1997年商學院與原上海機械高等?？茖W校的管理系合并重組成立新的商學院，歷代校友在商界建樹頗多，影響遍及五洲。